A história de Yu-Gi-Oh! começa há 5 mil anos. Os faraós, que moravam no Egito de antigamente, disputavam o Jogo das Trevas. Era uma batalha de monstros tão perigosa que podia acabar com o mundo. Para proteger o mundo, um dos faraós escondeu o poder do Jogo das Trevas em sete relíquias. 

Cinco mil anos depois, um garoto chamado Yugi Muto que tinha 16 anos, encontrou o poder guardado em uma das relíquias. E foi assim: Yugi ganhou um quebra-cabeça egípcio - o Enigma do Milênio (que era, na verdade, uma das relíquias que escondia uma parte do poder mágico do Jogo das Trevas). Então, quando Yugi montou o quebra-cabeça, descobriu o segredo e ficou com esse poder.

Yugi adora jogar o Duelo de Monstros (um jogo de cartas). O que ele não sabe é que o Duelo de Monstros é o mesmo Jogo das Trevas. Quem inventou o Duelo de Monstros foi Maximillion Pegasus - que também possui uma das sete relíquias: o Olho do Milênio. Só que Maximillion Pegasus é vilão e usou o poder do Olho do Milênio para reativar o Jogo das Trevas (aí, para disfarçar, mudou o nome para Duelo de Monstros). Yugi vai tentar, com o poder tirado do Enigma do Milênio, salvar o mundo.

Quando Yugi usa esse poder, vira Yami Yugi. O Enigma do Milênio possui a alma do faraó Yami (que também era chamado de Yu-Gi-Oh).